Diagnostická kolonoskopia je indikovaná ako primárne vyšetrenie u všetkých pacientov sklinickým podozrením na chorobu konečníka a hrubého čreva. Sú to napr. bolesti brucha, hnačka, zápcha, hlien v stolici, manifestné alebo okultná krvácanie z hrubého čreva a konečníka, nevysvetlená anémia z chronických krvných strát, nález adenómu, resp. karcinómu pri rektoskopii, jasný rtg.nález, vyžadujúci histologické vyšetrenie, príp.liečebný zákrok, nenormálny rtg.nález na hrubom čreve, ktorý nedovoľuje jednoznačnú diagnózu. Indikáciou je aj dispenzarizácia vysokorizikových skupín kolorektálneho karcinómu. K terapeutickým kolonoskopickým výkonom patrí: endoskopická polypektómia, zastavenie krvácania, rekanalizácia stenóz, dilatácia stenóz, implantácia endoprotéz, argónová plazmakoagulácia. K operáciam na hrubom čreve a konečníku, ktoré si vyžadujú predoperačnú prípravu na vyčistenie čreva patria operácie benígnych a malígnych stavov.